La culminación del modelo se produjo cuando el doctor Rodés puso en marcha en 1996 el Instituto de Investigaciones Biomédicas August Pi i Sunyer (IDIBAPS), del que fue director desde su creación  hasta 2008.

Rodés centró sus principales líneas de investigación en el alcohol y las enfermedades hepáticas, la hepatitis crónica por virus de la hepatitis B y C, el cáncer de hígado, las complicaciones derivadas de la cirrosis hepática y la colestasis crónica.

Desde su incorporación al Comité Científico Asesor de la Fundación BBVA en 2000 fue una figura fundamental para dar forma no solo a su programa biomédico, sino a su actividad en ciencia en general. Su experiencia clínica y su preocupación por el cuidado de la salud estuvieron en el origen del ‘Libro de la Salud del Hospital Clinic de Barcelona y la Fundación BBVA’ (2007) en el que, junto a él, participaron más de ciento veinte profesionales sanitarios, todos ellos especialistas en sus campos y con amplia experiencia. El objetivo era acercar algunos de los conocimientos médicos más actuales al lenguaje común del ciudadanos a través de una conversación abierta, con 1.500 preguntas y respuestas. En 2006 ya había publicado bajo el sello de la Fundación BBVA los libros ‘Trasplantes de órganos y células: dimensiones éticas regulatorias y Public Health: The Challenges of a New Century’.

Juan Rodés fue presidente de la Asociación Europea para el estudio del hígado y publicó, junto con su equipo, más de 500 artículos en las revistas de medicina más prestigiosas, como la New England Journal of Medicine, y unos 70 libros. No le gustaban los premios y los homenajes pero fue distinguido en varias ocasiones con diversos galardones como el Premio Nacional de Investigación, la Creu de Sant Jordi, la Gran Cruz de la Orden Civil de Sanidad o la Canadian Liver Foundation Gold Medal.

Pionero en la investigación del hígado y en la introducción de la Hepatología en España, consiguiendo que el Hospital Clinic de Barcelona sea un referente internacional, su legado es incalculable.